Krasový reliéf sa viaže na vápence Haligovských skál. Z podzemných krasových javov je najznámejšia jaskyňa Aksamitka - najväčší a najvýznamnejší predstaviteľ jaskýň v štruktúre krasu bradlového pásma.

Územie je lesnaté so zachovalými jedľovo - bukovými porastami a pôvodnými borinami na skalách.

V druhovo bohatej flóre sa uplatňujú teplomilné i vysokohorské prvky s výskytom endemitov. K pieninským endemitom patrí králik Zawadského, nevädza Triumfettova pieninská, kurička štetinatá pieninská. Známy je výskyt vzácneho glaciálneho reliktu pieninskej flóry, borievky netatovej.

Pre Pieniny je zo zoogeografického hľadiska zaujímavý stret areálov druhov chladnomilných a teplomilných, ako aj alpskokarpatských a západokarpatských s východokarpatskými.

Z obdobia postglaciálnej klímy sa ako relikty z vtákov zachovali pôtik kapcavý a tesár čierny. Z ďalších vzácnejších druhov tu hniezdi včelár obyčajný, výr skalný, kuvičok vrabčí, jariabok hôrny, skaliar pestrý a iné.

Stabilnou je populácia rysa, mačky divej a vydry.