V rámci ochrany prírody a starostlivosti o životné prostredie pôsobí niekoľko desiatok medzinárodných organizácií, programov a  rozličných dohôd, protokolov, konvencií, zmlúv a štatútov. Dôležitou úlohou SAŽP v tomto systéme je preto aj medzinárodná spolupráca a plnenie reportingových povinností v rámci Európskej únie. SAŽP zabezpečuje plnenie povinností najmä vo vzťahu k nasledovným organizáciám.

  • EEA
  • OECD
  • NATO
  • OSN
  • JRC